De natureza vulcânica e sujeita a atividade sísmica, apresenta relevo montanhoso, sobretudo no seu interior, dominado pelo pico da Vara, sendo recortada por vales, grotas e ribeiras – os únicos cursos de água.
A origem vulcânica é presente na tipologia das rochas e terrenos de "mistérios" – formados por lavas esponjosas, onde proliferam os musgos e as ervas, "biscoito" - produzidos por camadas onduladas de lava e ainda as fumarolas permanentes, como as do Vale das Furnas e na Ribeira Grande.
O fundo das crateras e caldeiras dos vários vulcões existentes na ilha, serviram para criar cerca de 20 belas lagoas como as mais conhecidas das Sete Cidades, Fogo, e Furnas.
Esta ilha beneficia de um clima ameno e agradável, com pequenas flutuações de temperatura, precipitação e humidade relativa do ar, normalmente elevadas. A influência da corrente quente do Golfo é importante, permitindo que as temperaturas ao nível do mar sejam igualmente amenas e muito semelhantes às restantes ilhas do arquipélago, com óptimas temperaturas que nos levam a querer visitar e conhecer as mais de 20 praias em São Miguel, sem contar com as restantes zonas balneares e piscinas naturais.